Madrasah Diniyah (Madin) merupakan lembaga pendidikan yang mengajarkan agama islam secara lebih mendalam dan klasikal kepada anak-anak usia 7-20 tahun. Pelajaran Madin meliputi Fiqih, Nahwu, Shorof, Tauhid, Al-Qur’an Hadits, Akhlak, Tarikh, Bahasa Arab, Praktek Ibadah. Sekolah SD Plus Mutiara Ilmu menerapkan kelas Madin untuk siswa kelas 3-6 pada hari Senin dan Selasa jam 13.30 – 14.30 WIB.
Taman Pendidikan Al – Qur’an (TPQ) merupakan lembaga pendidikan nonformal yang mengajarkan membaca Al-Qur’an dan nilai-nilai keislaman sejak dini. Ini merupakan salah satu kelebihan pada Sekolah SD Plus Mutiara Ilmu, karena pada pelajaran BTQ langsung menggunakan pembelajaran sistem TPQ dengan metode At-Tartila untuk lebih memahami materi, bukan hanya membaca buku BTQ. Sehingga siswa kelas 1-6 membaca Jilid 1 – Al-Qur’an seperti mengaji di rumah pada umumnya.
Madin dan TPQ diterapkan di SD Plus Mutiara Ilmu untuk memperdalam Agama Islam. Jadi tidak hanya memprioritaskan pelajaran umum saja. Hal ini menjadi salah satu kelebihan sekolah dengan sistem Fullday.